アフターコロニー１９５年、連合内部の軍事組織ＯＺの壊滅を命ぜられた５人の少年達は、流星に偽装した５機のガンダムを駆って、地球へと降下する。大気圏付近でその中の１機、Ｗ（ウイング）ガンダムが大気圏付近でＯＺのゼクス特尉に撃墜されてしまう。浜辺に漂着した操縦者ヒイロ・ユイは、外務次官の娘リリーナに顔を見られたことから、彼女を殺さなければならなくなってしまう・・・

平和維持機関を装ったＯＺは、各コロニーを連合宇宙軍の支配から次々に解放していった。聖女の仮面をかぶったレディ・アンの巧みな懐柔策により、ＯＺへの協調路線を訴え始める若き指導者たち。５人の少年たちはＯＺの真の姿を知らせるため、再びコロニーへと還る。だが、そこに待っていたのはガンダムを反逆者として扱う民衆の冷たい眼差しだった。

新生ＯＺとトレーズ派の対立が世界各国に内戦の炎を拡大させていくなか、再び地球へと降り立ったヒイロとカトル。戦いの中にしか生きられないヒイロは、トレーズ派の傭兵となり、無目的に戦闘に身を委ねていく。そんなヒイロを疑問に思うカトルはひとり戦火の街を訪れ。。

ゼクスはついにリーブラの主砲を発射。戦慄の光が地上を貫く。さらに戦術プログラムを搭載したモビルドールの出現にデュオたちガンダムパイロットは苦戦する。

マリーメイアとデキムの野望を阻止するため、モビルスーツ乗り込むヒイロ達。しかし敵として現れたのは、かつての仲間、トロワと五飛であった。そして、その隙を突いたマリーメイアはリリーナを連れて地球へ降下し、大統領官邸を占拠した。宇宙に破棄されたガンダムの回収に成功、ウィング・ゼロを受け取ったヒイロは戦場と化した地球へと向かうのだった。

アフターコロニー196年、戦争は終結し、地球圏統一国家が誕生した。が、マリーメイアを中心とする反乱軍の手により、再び平和は破られる。一度は宇宙に廃棄したモビルスーツに乗り込み、ヒイロたちはまたしても戦地へと赴く。